山上區位於臺灣臺南市中央偏南，北臨大內區，東鄰玉井區，西鄰善化區、新市區，南接新化區、左鎮區；地形上屬於平原和山地的交界地帶，約三分之二為平地（嘉南平原），三分之一為丘陵地（新化丘陵），但全區海拔高度均不超過300米，地勢東部較高，以北嶺尖山頂迤延向西形成半箕形盆地，曾文溪流經本區與大內區的交界，氣候上屬熱帶季風氣候。明德外役監獄即位於本區。